Les bactéries sont des indicateurs de contamination fécale (humains ou animale) du milieu. Elles conditionnent notamment les usages sur le littoral comme la conchyliculture, la pêche mais également les loisirs nautiques.
Leur présence dans le milieu peut être d’origine urbaine (rejets d’assainissement) ou agricole (fumiers, lisiers, accès du bétail au cours d’eau..).

Plusieurs réseaux de suivi existent :

• Pour les sites de baignade (baignades.sante.gouv.fr)
• Pour les sites conchylicoles (IFREMER)

Dans le cadre du présent programme, les communautés de communes ont mis en place un suivi complémentaire sur les bassins versants à enjeu conchylicole.